En el número 21 de la calle de San Bernardo, esquina a Travesía de la Parada, encontramos otra de las sedes del Ministerio de Justicia: el antiguo Palacio del conde de Ágreda, donde se ubica en la actualidad la Secretaría General para la Innovación y Calidad del Servicio Público de Justicia, entre otras dependencias. Ocupa un solar con honda raigambre histórica. En el siglo XVI se alzó aquí el llamado Hospital de Convalecientes. Estuvo en funcionamiento hasta 1596, en que pasó a ser el convento de Santa Ana, de monjes bernardos, al que debe la calle su actual nombre.
La desamortización de Mendízábal, en 1836, trajo como consecuencia el derribo del edificio. En el mismo lugar se comenzó a edificar diez años más tarde el Palacio del conde de Ágreda. Como otros edificios históricos en Madrid, con el tiempo pasó a ser de titularidad pública. Tras su rehabilitación y transformación por parte del Ministerio de Justicia, inició su actual etapa en febrero de 1989. Anteriormente había albergado las dependencias de la Comisaría General de Abastecimientos y Transportes.